まずは /etc/rc.conf に ntpd を有効化する記述を加えます。
ntpd_enable="YES" ntpd_sync_on_start="YES"
ntpd_sync_on_start は、起動時に一度時刻を同期する設定で、
ntpdate と併用するよりはこっちの方がいいらしいです。
で、/etc/ntp.conf に設定を書きます。
driftfile /etc/ntp.drift server ntp.nict.jp
/etc/ntp.drift がない場合は、最初の15分間、
クロックの周波数校正データ生成モードで走るようです。
なのでパーミッションが許せば touch とかしない方がいいみたいです。
サーバは ntp.nict.jp を使いましょう。
毎秒100万リクエストに答えられる、stratum 1 のサーバです。